Die Kirchengemeinde ist die jüngste Gemeinde der Pfarrei Koblenz Heilig Geist.

1966 beschloss der Kirchenvorstand der Pfarrei Peter und Paul in Pfaffendorf, den Ortsteil Pfaffendorfer Höhe abzutrennen.

Das geschah wohl vor allem wegen der ganz anderen Geschichte und sozialen Struktur der Höhensiedlung. Außerdem ist die Bundesstraße 42 eine deutliche Grenze zwischen den Ortsteilen.

Am 15. Dezember 1967 errichtete der Bischof von Trier die neue Kirchengemeinde St. Martin. 1969 wurde sie Pfarrvikarie und erst im Dezember 1979 Pfarrei.

Ende 1969 wurde den Seelsorgern von St. Martin auch die Horchheimer Höhe übertragen, die dann urkundlich am 1. Oktober 1976 von der Pfarrei St. Maximin in Horchheim abgetrennt wurde und seither zur Gemeinde St. Martin gehört.

Über einen Kirchenbau auf der Pfaffendorfer Höhe wurde schon 1960 nachgedacht. Die Grundsteinlegung fand dann am 22. Juni 1969 statt. Der Neubau der Kirche wurde entsprechend dem Anteil der dort wohnenden Bundesbediensteten- und Soldatenfamilien (60%) vom Bund bezuschusst. Die Kirche mit Gemeindezentrum und der Kindergarten wurden nach den Plänen des Koblenzer Architekten J.A. Klein unter technischer Leitung des Architekten Dietrich Zillinger ebenfalls aus Koblenz gebaut. Am 14. November 1971 weihte Bischof Dr. Bernhard Stein die Kirche ein.

Im Unterschied zu den anderen Pfarreien auf der rechten Rheinseite gab es in der jungen Gemeinde St. Martin keine Traditionen, die bestimmte Abläufe einfordern, weil und wie es immer war. Das ist wohl auch ein Grund dafür, dass von Anfang an bis heute viele Menschen auch aus der Stadt und aus der Umgebung auf der Suche nach “ihrer Gemeinde” hier eine geistige Heimat fanden. Besondere Kennzeichen von St. Martin sind die lebendige, offene und einladende Gottesdienstgemeinde und die gute Atmosphäre.

Im Gemeindeteil Horchheimer Höhe hat die Muttergemeinde St. Maximin den Bau des Kindergartens initiiert. 1976 war er für 100 Kinder beziehbar.

Den Rohbau des Gottesdienst- und Gemeindesaals St. Hildegard übernahm die Gemeinde St. Martin zur Fertigstellung. Am 23. November 1980 weihte der damalige Regionaldekan Hans Lambert den Altar. Inzwischen ist die diese Filialkirche profaniert, da die Gemeinde die finanzielle Belastung nicht mehr tragen konnte. 

Der Kindergarten ist 2023 in einen Neubau umgezogen. Das ganze Gemeindezentrum steht zum Verkauf.